Il grande impero Sahel del Mali, fiorito fra il XIII e il XV secolo d. C., includeva parte dell’attuale Guinea Bissau, la Casamance e la Gambia, che costituivano insieme la Provincia del Gabu.
Approdati con le loro navi in Guinea Bissau e in altre regioni costiere intorno al 1450, i portoghesi intrapresero scambi commerciali con gli abitanti locali, al fine di ottenere schiavi, oro, avorio e pepe.
Costruirono forti lungo le coste, e stazioni commerciali, ma il loro monopolio ebbe termine verso la fine del XVII secolo, quando anche avventurieri inglesi, francesi e tedeschi iniziarono a praticare la tratta degli schiavi.
Il Portogallo riuscì tuttavia a conservare il dominio di quella zona che divenne poi nota come Guinea Portoghese.
Solo nel 1915, dopo una lunga serie di guerre con le popolazioni indigene dell’entroterra, i portoghesi riuscirono ad avere il pieno controllo della regione, attuando una politica ferocemente repressiva e di sfruttamento estremo.
Nel 1926, con l’avvento al potere, in Portogallo, di Salazar furono applicati pesanti tributi doganali alle società estere che avevano interessi economici nei territori portoghesi e fu imposta ai contadini la coltivazione delle arachidi.
Uno degli eventi più tragici del repressivo regime portoghese fu il massacro di Pidijguiti, nel 1959: 50 lavoratori portuali furono uccisi dalla polizia mentre scioperavano, sul molo di Pidijguiti, a Bissau.
Risultato della oppressiva politica coloniale fu la più lunga guerra di liberazione che il continente africano abbia mai conosciuto.
Ingaggiata dai guerriglieri del Partido Africano da indipendencia da Guiné a Cabo Verde (PAIGC), guidati dal leader e co-fondatore del partito, originario di Capo Verde, Amilcar Cabral, la guerra di liberazione guineana poté giovarsi del significativo aiuto dell’Unione Sovietica e di Cuba.
Nel 1961, il PAIGC entrò nella Guinea portoghese dalla vicina Guinea e cominciò a mobilitare e ad armare i contadini.
Nonostante la superiorità numerica dei portoghesi, i guerriglieri riuscirono in 5 anni a conquistre la metà del paese.
Rimaneva in mano ai portoghesi Bissau, ormai sovraffollata di profughi, ed alcune zone isolate del Nord-est dove alcuni fula collaboravano nel tentativo di conservare i loro privilegi.
Nel 1973, venne assassinato a Conakry, Amilcar Cabral, che in quella città aveva istituito la sua centrale operativa. Ma il movimento di liberazione era ormai troppo forte.
Il PAIGC organizzò nella parte liberata del paese elezioni nazionali e proclamò l’indipendenza, sotto la presidenza del fratellastro di Amilcar, Luiz Cabral.
Crollata la dittatura di Salazar, l’anno seguente, riconobbe l’indipendenza della Guinea.
Il paese fu guidato dal PAIGC fino al 1991. Anche nel periodo di governo del PAIGC le tensioni non mancarono e gli ultimi tre decenni sono una sequela di colpi di stato, riusciti o falliti.
Fondato su un regime di partito unico, il nuovo governo non fu in grado di sanare le piaghe della fame, dell’inflazione, dell’analfabetismo, dell’economia disastrata.
Solo una persona su 20 era in grado di leggere, la durata media della vita era di 35 anni, il 45% dei bambini moriva entro i 5 anni di vita. Corruzione, nepotismo e clientelismo provocarono nel 1980 un colpo di stato da parte dei militari: Luis de Almeida Cabral fu mandato in esilio a Cuba e lo sostituì il generale João Bernardo Vieira detto “Nino”.
Eletto per cinque anni, il presidente Vieira e il suo governo militare sopravissero ad un tentativo di colpo di stato nel 1985, e Vieira fu rieletto nel 1989.
Nel 1991 l’assemblea nazionale revocò al PAIGC lo status di partito unico, e nel 1994 Vieira fu eletto presidente nelle prime elezioni libere del paese.
Il lungo periodo di governo di Vieira, durato 19 anni, fu caratterizzato da una gestione spregiudicata dell'economia nazionale e da un elevato tasso di corruzione, elementi che non contribuirono a sollevare le sorti del paese, uno dei più poveri del mondo.
Lo stato aveva il monopolio di tutte le prinicpali imprese, il marxismo era l’deologia dominante e qualsiasi forma di dissenso politico era bandita. Oltre al dogmatismo, Vieira incoraggiò anche il pragmatismo: così mentre l’Unione Sovietica forniva le armi, i paesi occidentatli provvedevano agli aiuti civili.
Nel 1986, all’indomani di un serio tentativo di colpo di stato, Vieira si fece promotore di una radicale trasformazione: svalutò la moneta e cominciò a vendere le imprese statali.
Nel corso degli anni ’90 si registrò un miglioramento delle condizioni economiche di molti strati della popolazione, ma segnali di una nuova crisi emersero già nel 1997, con la protesta degli insegnanti, degli addetti alla salute pubblica ed altri impiegati.
Nel 1998 scoppiò una rivolta militare capeggiata dal generale Ansumane Manè che sfociò in una vera e propria guerra civile: le truppe ribelli combatterono contro i soldati fedeli al governo, fino al maggio 1999, quando le forze ribelli ebbero il sopravvento ed espulsero Vieira.
Furono attaccati villaggi e città, accusati di favorire i ribelli della Junta Militar, ci fu un ingente numero di vittime, furono praticate grandi atrocità. Le coltivazioni e la produzione di derrate alimentari furono interrotte e alla fine di luglio si raggiunse il numero di 300.000 profughi.
Bissau si ridusse ad una città fantasma.
Dopo l’espulsione di Vieira, avendo la Junta dichiarato di non ambire al potere, fu nominato presidente ad interim Malan Bacai Sanhà, presidente dell’asemblea.
Nelle successive elezioni presidenziali, tenutesi in due round, nel novembre 1999 e nel Gennaio 2000, fu eletto Kumba Yalà del PRS (Partito della rinnovazione sociale), leader del vecchio movimento indipendentista della Guinea-Bissau, con un passato di insegnante. Nel periodo 1999-2000 il generale Mané tentò più volte di impadronirsi del potere, ma perse la vita in una sparatoria a Quihamel.
Nel settembre 2003 Kumba Yalà fu deposto dal generale Verissimo Correia Seabra, che designò un presidente ad interim e un primo ministro.
Henrique Rosa e il primo ministro Carlos Gomes Junior hanno guidato il paese dal 2003 fino all’estate del 2005, quando è stato rieletto presidente Nino Vieira.